Se ha desempeñado como Coordinador de Enseñanza de la Dirección General de Epidemiología, Asesor de la Subsecretaría de Administración y Finanzas así como de la Subsecretaría de Prevención y Control de Enfermedades de la Secretaría de Salud. Posteriormente, ocupó el cargo de Director General Adjunto de Salud Materna y Perinatal del Centro Nacional de Equidad de Género y Salud Reproductiva y fue Director de Planeación del Instituto Nacional de Perinatología.
Es miembro activo de la Sociedad Mexicana de Salud Pública; de la que fue presidente durante el periodo 2011-2012. Ha sido designado Vicepresidente Honorario en la Asociación Americana de Salud Pública.
El Doctor Ruiz Matus es autor de varios textos especializados en el área de Salud Pública, destacando su participación como co-autor en el Manual de Salud Pública, base de las acciones diarias de la Salud Pública en México y América Latina y diversos textos especializados en Salud Materna y Perinatal y Epidemiología.
De julio del año 2012 y hasta julio 2013 ocupó el cargo de Director General Adjunto de Epidemiología de la Secretaría de Salud del Gobierno Federal, y desde agosto de ese mismo año, hasta la fecha, se desempeña como Director General de Epidemiología.
